ثالثها : انه اعترض بعض الفضلاء علی هذاالمذهب ... .

سومین نکته یا نادره از نوادر حکمی که مؤلف بیان می کند، اشکال و اعتراضی است که محقق خفری بر نظریه مشاء درباره علم واجب تعالی مطرح کرده است می باشد.
به نظر وی اگر علم واجب تعالی صور مرتسمه باشد یا جوهر است یا عرض و هر دو مورد مستلزم امری نادرست است.

صور مرتسمه جوهر نیست بدین خاطر که جوهر موجودی عینی و خارجی است که بی نیاز از موضوع است و از این رو به پنج موجود خارجی عقل، نفس، صورت، ماده و هیولا تقسیم شده است، بنابراین لازمه جوهر بودن صور مرتسمه عینی بودن و وجود خارجی داشتن صور است و لازمه این امر این است که برای شناسایی و آگاهی به این موجود عینی صورت دیگری داشته باشد که این صورت عینی حکایت از آن داشته باشد. صورت دوم نیز یا جوهر است یا عرض. اگر جوهر باشد آن نیز باید موجودی عینی باشد که محتاج صورت دیگری خواهد بود و هلم جرا  و تسلسل لازم می آید. پس لازم می آید که صورتهای علمی واجب هیچگاه به خاطر عدم توقفشان بر علل نامتناهی، تحقق نپذیرند.

محقق خفری در دنباله سخن خود اشکالی را از جانب مشائین بیان نموده و به آن پاسخ می دهد.
اشکال این است که اگر علم واجب تعالی عرض باشد ولی واجب تعالی نسبت به این عرضها قابل و منفعل نباشد بلکه فاعل آنها باشد و به عبارتی ذات واجب برای خود ایجاد کند، اشکال قبل به وجود نمی آید.
محقق خفری به این اشکال چنین پاسخ می دهد که لازمه قبول این اشکال که علم واجب تعالی را عرض دانسته اما ذات او را قابل ندانیم، انکار عرض بودن علم است. بدین خاطر که عرض ناچار از موضوع و محل است، پس اگر کسی علم واجب تعالی را عرض بداند ولی ذات او را قابل و محل نداند، سخن خویش را نقض کرده و گفته است که علم واجب عرض نیست.

پاسخ صدرا به محقق خفری
از نظر ملاصدرا اشکال محقق خفری به مشاء وارد نیست.
پاسخ اول این است که با فرض قبول این مطلب که صور مرتسمه علم الهی جوهر است، باید گفت که مقصود از جوهر بودن، جوهر ذهنی است نه جوهر عینی. در صورتی که مقصود از جوهر، جوهر عینی باشد اشکال مطرح شده صحیح است و هر صورتی نیاز به صورت دیگر خواهد داشت و تسلسل به وجود می آید ولی اگر مقصوداز جوهر، جوهر ذهنی باشد احتیاج به صورت دیگر ندارد. مانند علم انسان به صورتهای ذهنی خویش که نیازمند واسطه  نیست. بنابراین به نظر مشاء علم واجب به اشیاء، علم به صور مرتسمه به اشیاء است و صورت ها معلوم واجب تعالی هستند، نه اشیاء خارجی و عینی.
پاسخ دوم صدرا به محقق خفری این است که معلوم همیشه به وسیله علم، معلوم و شناخته شده است ولی علم به وسیله امر دیگری معلوم و شناخته شده نیست بلکه بذاته معلوم است مانند نور و وجود. بنابراین اینکه علم واجب تعالی جوهر باشد یا عرض تفاوتی نخواهد داشت، مهم این است که همه اشیاء و معلومات به وسیله صورت های علمی، روشن و معلوم شده اند و می شوند ولی خود علم، صورت ندارد تا از تکرارش تسلسل لازم آید.
پاسخ سوم مؤلف به محقق خفری این است که صورتهای علمی واجب تعالی از مفاهیم ماهوی مندرج در مقولات نیستند بلکه فوق مقوله هستند. به عبارت دیگر علم واجب تعالی از سنخ وجود است و آنچه از سنخ وجود باشد مندرج در مقولات نیست. بنابراین علم واجب تعالی نه جوهر است و نه عرض.
به علاوه اگر شیئی مندرج در یکی از مقولات باشد باید با ذات واجب تعالی غیریت داشته باشد و باقی به ابقاء واجب باشد یعنی واجب تعالی لحظه به لحظه به آن وجود دهد اما اگر شیئی باقی به ابقاء واجب تعالی نباشد بلکه باقی به بقاء واجب تعالی باشد و به عبارتی باقی به وجوب واجب تعالی باشد نه باقی به ایجاد واجب تعالی، چنینن موجودی با ذات واجب غیریت نخواهد داشت و آنچه با ذات واجب تعالی غیریت نداشته باشد مندرج در هیچ مقوله ای نیست و بنابراین نه جوهر است و نه عرض.
البته اگر کسی ذات واجب را جوهر بداند علم اورا نیز می تواند جوهر بداند ولی مشائین چنین عقیده ای ندارند و ذات واجب را ماهیت نمی دانند.